通过Anaconda安装R

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在一台不通外网只能连上某个特定mirror的机器上，需要用Python和R。曲线救国，用Conda装好了R，记录一下。

安装Miniconda

安装：

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cd /my_dir
wget http://mirror/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p miniconda3
export PATH=$PATH:/my_dir/miniconda3/bin

替换Anaconda源，并且禁用defaults（因为连不上）：

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conda config --add channels http://mirror/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels http://mirror/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels http://mirror/anaconda/pkgs/r/
conda config --set show_channel_urls true
conda config --remove channels defaults
conda config --show

创建环境并安装R

创建环境，装r-base，然后就可以用R了！截止到这一步，miniconda一共是833M。

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conda create -n my-r-env
source activate my-r-env
conda install -c http://mirror/anaconda/pkgs/r/ r-base
R

在Bash里装包

从Aanaconda装R包（其实从CRAN直接装就行了，更符合平时的使用习惯）。

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conda install -c http://mirror/anaconda/pkgs/r/ r-ggplot2
conda install -c http://mirror/anaconda/pkgs/r/ r-data.table

在R里升级/装包

可以看一下包都装在哪里。

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.Library  # 可以看一下包都装在哪里
.libPaths()  # 可以看一下包都装在哪里

安装包：

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options(download.file.method = "wget")  # 不写不行，原因未知，放弃探索
repo = 'http://mirror/CRAN/'
update.packages(repos=repo, ask=F)  # 升级所有包
install.packages('devtools', repos=repo)  # 安装包

从源码安装自己下载的包：

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install.packages('xxxxxxxxx.tar.gz', repos=NULL, type="source")

踩坑

  1. 从conda-forge装的r-base无法运行，报错/my_dir/miniconda3/envs/my-r-env/lib/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory。但是从pkgs/r/装的就没毛病，放弃。
  2. 安装R包的时候，如果是Github上直接下载的zip，需要在服务器上unzip后重新tar -czf xxx.tar.gz xxxx。否则会报错Error in rawToChar(block[seq_len(ns)])......。